평화로운 라이트시티, 공찬과 친구들은 학교 앞에서 미니공룡을 팔고 있는 정체불명의 상인들을 발견한다.

그들의 정체는 바로 사라진 줄 알았던 악당, 어부바단! 시간 여행을 할 수 있는 타임큐브를 이용해 공룡시대의 공룡들을 미니공룡으로 만들어 데려 온 뒤, 거대화 시켜 지구를 공격해 온다! 한편, 과거로 돌아간 어부바단이 6,500만 년 전의 젊은 주관장을 공격해 쥬라기캅스의 탄생을 막아 현재의 쥬라기캅스를 소멸시켜버리고 공찬 일행도 타임큐브를 별별해적단에 빼앗겨 공룡시대에 갇히고 만다.

공찬 엄마의 노력으로 공룡시대에서 탈출해 쥬라기캅스의 부활에 성공한 공찬과 친구들!

현재로 돌아와 메카 공룡으로 도시를 공격하는 어부바단과 지구의 운명이 걸린 최종 결투를 벌이게 된다.